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AMBER on Tesla GPUs
Explícitos solvente de partículas de malha Ewald (PME) Dinâmica Molecular e implícitos solvente Generalized Born (GB) simulações em AMBER foram aceleradas utilizando CUDA-enabled GPUs. Emparelhado com uma solução de computação GPU Tesla construído sobre a arquitetura CUDA, que permite mais do que a velocidade de 10x até comparado a um CPU quad-core único.
Download e instalação
- Download AMBER 11 (supports CUDA GPUs)
- Supports on Generalized Born
- PME support coming soon
- Installation instructions are here
Dados de referência
Veja abaixo os dados de referência para simulações Generalized Born em dois tamanhos de sistema diferentes. AMBER 11 NVIDIA benchmark
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Apresentações
- Do SC09: Visão geral do suporte a NVIDIA CUDA em AMBER - o que aprendemos, habilidades adquiridas – Ross Walker, do San Diego Supercomputer Center, na Conferência de Tecnologia de GPU 2009
- Da Conferência de Tecnologia de GPU 2009: Biofísica computacional e eletroestática de longo alcance em GPUs – Scott Le Grand, NVIDIA
Para saber mais sobre a aceleração de aplicativos de dinâmica molecular usando CUDA, visite a página de dinâmica molecular.
Discussion Forums
Entrevistas / Vídeos
- Do BLOG da SC09 sobre o NVIDIA nTersect: O código de pesquisa AMBER tem ganhos impressionantes com NVIDIA CUDA
Soluções com GPUs
Disponíveis como uma solução para supercomputação em computadores de mesa pessoais capaz de superar um cluster de CPU com 32 nós em termos de desempenho, ou como uma solução em cluster que oferece o desempenho de um supercomputador convencional de larga escala por 1/10 do custo e 1/20 do consumo de energia. Construídas sobre a revolucionária arquitetura CUDA, essas soluções são projetadas para acelerar o ritmo da ciência computacional.
RECOMMENDED HARDWARE CONFIGURATION
| Desktop Workstation Configuration | Data Center Configuration |
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soluções para estações de trabalho Supercomputador pessoal Tesla Para supercomputação pessoal em sua mesa
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