NVIDIA > Produtos > Computação de Alta Performance > Tesla Bio Workbench > CUDA-BLASTP en Tesla GPUs

 

O CUDA-BLASTP foi desenvolvido a fim de acelerar o NCBI BLAST para examinar bancos de dados de sequência de proteína aproveitando a arquitetura CUDA altamente paralela de GPUs NVIDIA Tesla. O CUDA-BLASTP também possui um utilitário para converter bancos de dados de formato FASTA em arquivos que podem ser lidos pelo CUDA-BLASTP.

Download e instalação

• Download CUDA-BLASTP
• CUDA-BLASTP Readme (Installation, User Guide)

Dados de referência

O CUDA-BLASTP em execução em uma estação de trabalho com duas GPUs Tesla C1060 é 10 vezes mais rápido que o NCBI BLAST (2.2.22) em execução em uma CPU Intel i7-920. Isso reduz o tempo de computação de minutos em CPUs para segundos ao usar GPUs.

Publicações

• A technical report about CUDA-BLASTP is coming soon from Nanyang Technological University, Singapore
• More publications on accelerating bio-informatics applications using GPUs

Fóruns

• GPU-based Molecular Modeling Community on GPUcomputing.net

Os aplicativos Tesla Bio Workbench podem ser implantados em supercomputadores desktop pessoais baseados em GPU ou em soluções para centros de dados. Desenvolvidas com base na revolucionária arquitetura CUDA altamente paralela, essas soluções são projetadas para acelerar o ritmo da ciência computacional.

Configuração de hardware recomendada

Desktop Workstation Configuration	Data Center Configuration
GPUs 4 Tesla C2070 GPUs CPU and Main Memory 2.33 GHz Quad-Core x86 CPU 24 GB or more	Not applicable (CUDA-BLASTP is not yet MPI enabled)

SOLUÇÕES PARA ESTAÇÕES DE TRABALHO SUPERCOMPUTADOR PESSOAL TESLA Para supercomputação pessoal em sua mesa Saiba mais >		SOLUÇÕES PARA DATA CENTERS CLUSTERS DE COMPUTAÇÃO COM GPUS TESLA Para computação com instalações em larga escala Saiba mais >