CUDA para Pesquisa

Aceleração drástica da simulação de vírus

		Os vírus, causadores de muitas doenças, sãos os menores organismos naturais conhecidos. Devido à sua simplicidade e tamanho reduzido, os biólogos computacionais selecionaram um vírus para sua primeira tentativa de simular uma forma de vida completa usando um computador. Eles escolheram o vírus satélite do mosaico do tabaco, um dos menores existentes. Os pesquisadores simularam o vírus em uma gota de água salgada usando um programa chamado NAMD (Dinâmica Molecular de Escala Nanométrica) da Universidade de Illinois em Urbana-Champaign.
Cápsula protetora de proteína envolvendo o genoma viral	Disposição em formato de icosaedro da cápsula de proteína

Os aplicativos NAMD foram acelerados com CUDA, alcançando acelerações drásticas de até 330X, quando comparadas a uma CPU single core, ao rodar em um cluster acelerado com GPU no National Center for Supercomputing Applications (NCSA). Os pesquisadores acreditam que esse passo auxiliará a medicina moderna a entender e tratar melhor doenças causadas por vírus.

Para obter mais informações, acesse: www.ks.uiuc.edu/Research/namd/

Localização dos íons (em laranja) unindo o genoma viral, encontrados com o uso de um programa acelerado por CUDA