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GROMACS é um pacote de dinâmica molecular projetado principalmente para a simulação de moléculas bioquímicas como proteínas, lipídios e ácidos nucleicos que formam várias interações interligadas complexas. A porta CUDA do GROMACS, que permite a aceleração através da GPU, está disponível agora em beta e suporta formas arbitrárias de interações não interligadas do tipo Particle-Mesh-Ewald (PME), e métodos de solvente implícito baseados em Generalized Born.
Download e instalação
Dados de referência
A versão CUDA do GROMACS atualmente suporta apenas uma GPU e produz os seguintes resultados:
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| Dados fornecidos pelo Stockholm Center for Biomembrane Research (Centro de Pesquisa de Biomembrana de Estocolmo) |
Publicações e apresentações
- M. S. Friedrichs, P. Eastman, V. Vaidyanathan, M. Houston, S. LeGrand, A. L. Beberg, D. L. Ensign, C. M. Bruns, V. S. Pande. “Acelerando simulações de dinâmica molecular em unidades de processamento gráfico (GPUs).” J. Comp. Chem., 30(6):864-872. (2009)
- More publications on accelerating molecular dynamics applications using GPUs
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Soluções com GPUs
Disponíveis como uma solução para supercomputação em computadores de mesa pessoais capaz de superar um cluster de CPU com 32 nós em termos de desempenho, ou como uma solução em cluster que oferece o desempenho de um supercomputador convencional de larga escala por 1/10 do custo e 1/20 do consumo de energia. Construídas sobre a revolucionária arquitetura CUDA, essas soluções são projetadas para acelerar o ritmo da ciência computacional.
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