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GPU-HMMER em Tesla GPUs
O GPU-HMMER é um software de bioinformática que faz o alinhamento da sequência de proteína usando HMMs de perfil aproveitando a arquitetura CUDA altamente paralela de GPUs NVIDIA Tesla. O GPU-HMMER é 60 a 100 vezes mais rápido do que o HMMER (2.0).
Download e instalação
Dados de referência
O GPU-HMMER acelera a ferramenta hmmsearch usando GPUs e obtém acelerações que variam de 60 a 100 vezes. O GPU-HMMER pode aproveitar várias GPUs Tesla em uma estação de trabalho para reduzir a pesquisa de horas em uma CPU para minutos usando uma GPU.
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Publicações
- "Evaluating the use of GPUs in Liver Image Segmentation and HMMER Database Searches, J. P. Walters, V. Balu, S. Kompalli, and V. Chaudhary: International Parallel and Distributed Processing Symposium (IPDPS), 2009
- More publications on accelerating bio-informatics applications using GPUs
Fóruns
Soluções com GPUs
Os aplicativos Tesla Bio Workbench podem ser implantados em supercomputadores desktop pessoais baseados em GPU ou em soluções para centros de dados. Desenvolvidas com base na revolucionária arquitetura CUDA altamente paralela, essas soluções são projetadas para acelerar o ritmo da ciência computacional.
Configuração de hardware recomendada
| Desktop Workstation Configuration | Data Center Configuration |
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