CUDA-MEME em Tesla GPUs

O CUDA-MEME é um software de descoberta motif baseado em MEME (versão 3.5.4) que acelera o MEME aproveitando a arquitetura CUDA altamente paralela de GPUs NVIDIA Tesla. Ele suporta os modelos OOPS e ZOOPS em MEME.

Download e instalação

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Installation instructions and user guide are also in the software download

Dados de referência

O CUDA-MEME em execução em uma GPU Tesla C1060 é até 23 vezes mais rápido do que o MEME em execução em uma CPU x86. Isso reduz o tempo de computação de horas em CPUs para minutos ao usar GPUs. Os dados do gráfico abaixo são para o modelo OOPS (uma ocorrência por sequência) para 4 conjuntos de dados.

Publicações

"CUDA-MEME: Accelerating Motif Discovery in Biological Sequences Using CUDA-enabled Graphics Processing Units, Y. Liu, B. Schmidt, W. Liu, D. Maskell: Pattern Recognition Letters, October 2009
"GPU-MEME: Using Graphics Hardware to Accelerate Motif Finding in DNA Sequences, C. Chen et al, Lecture Notes in Computer Science, Volume 5265, 2008
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Fóruns

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Soluções com GPUs

Os aplicativos Tesla Bio Workbench podem ser implantados em supercomputadores desktop pessoais baseados em GPU ou em soluções para centros de dados. Desenvolvidas com base na revolucionária arquitetura CUDA altamente paralela, essas soluções são projetadas para acelerar o ritmo da ciência computacional.

Configuração de hardware recomendada

Desktop Workstation Configuration	Data Center Configuration
GPUs 1 Tesla C2070 GPU (CUDA-MEME supports single GPU so far) CPU and Main Memory 2.33 GHz Quad-Core x86 CPU 8 GB or more	Not applicable (CUDA-MEME is not yet MPI enabled)

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