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MUMmerGPU em Tesla GPUs
O MUMmerGPU é um software de bioinformática para alinhamento de sequência de elevado volume de processamento de dados usando GPUs. Ele acelera o alinhamento de várias sequências de consultas em relação a uma única sequência de referência aproveitando a arquitetura CUDA altamente paralela de GPUs NVIDIA Tesla.
Download e instalação
- Download MUMmerGPU
- Installation instructions are also in the software download
Dados de referência
O MUMmerGPU (versão 2.0) proporciona acelerações de 3 a 4 vezes em comparação com a execução do MUMmer em CPUs. Os dados mostrados no gráfico abaixo são baseados no MUMmerGPU versão 1.0 e em breve serão atualizados.
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| Data Courtesy of University of Maryland |
Documentos Técnicos e Apresentações
- "High-throughput sequence alignment using Graphics Processing Units", M. Schatz et al.: BMC Bioinformatics 2007
- "Optimizing data intensive GPGPU computations for DNA sequence alignment", C. Trapnell, M. Schatz: Parallel Computing Aug 2009
- More publications on accelerating bio-informatics applications using GPUs
Foros
Soluções com GPUs
Os aplicativos Tesla Bio Workbench podem ser implantados em supercomputadores desktop pessoais baseados em GPU ou em soluções para centros de dados. Desenvolvidas com base na revolucionária arquitetura CUDA altamente paralela, essas soluções são projetadas para acelerar o ritmo da ciência computacional.
Configuração de hardware recomendada
| Desktop Workstation Configuration | Data Center Configuration |
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SOLUÇÕES PARA ESTAÇÕES DE TRABALHO SUPERCOMPUTADOR PESSOAL TESLA Para supercomputação pessoal em sua mesa
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SOLUÇÕES PARA DATA CENTERS CLUSTERS DE COMPUTAÇÃO COM GPUS TESLA Para computação com instalações em larga escala
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