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A equipe da Universidade de Illinois em Urbana-Champaign (UIUC) trabalha com a habilitação de aceleração utilizando CUDA em NAMD desde 2007. Eles fizeram experiências de dimensionamento no cluster Lincoln baseado em Tesla do NCSA e demonstraram que 4 GPUs Tesla podem superar em termos de desempenho um cluster com 16 CPUs quad-core.
Download e instalação
Você pode baixar binários NAMD do website do Beckman Institute for Advanced Science and Technology (Instituto Beckman de Ciência e Tecnologia Avançadas). As instruções de instalação estão na mesma página.
Dados de referência
O NAMD tem um desempenho de dimensionamento muito bom em uma GPU Tesla, como demonstrado por estes resultados.
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| Dados fornecidos pelo Theoretical and Computational Bio-physics Group (Grupo de biofísica teórica e computacional), da UIUC |
Publicações técnicas
Diversas publicações sobre aceleração com GPU em NAMD e VMD estão disponíveis no website da UIUC.
Para saber mais, você pode visitar a página de dinâmica molecular da NVIDIA e obter mais informações sobre a aceleração de aplicativos de dinâmica molecular com o uso de CUDA.
Apresentações
- Discussões sobre VMD e NAMD do SC09: Acelerando aplicativos de modelação molecular com computação em GPU - John Stone, do Beckman Institute for Advanced Science and Technology (Instituto Beckman de Ciência e Tecnologia Avançadas), da Universidade de Illinois em Urbana-Champaign
- Discussões sobre VMD e NAMD da Conferência em Tecnologia de GPU 2009: Visualização e análise aceleradas com GPU em VMD - John Stone, do Beckman Institute for Advanced Science and Technology, da Universidade de Illinois em Urbana-Champaign
- Do BLOG da SC09 sobre o NVIDIA nTersect: Estudando o vírus H1N1 com GPUs NVIDIA
- Entrevista no SC08 com James Phillips, do Beckman Institute for Advanced Science and Technology , da Universidade de Illinois em Urbana-Champaign
Soluções com GPUs
Disponíveis como uma solução para supercomputação em computadores de mesa pessoais capaz de superar um cluster de CPU com 32 nós em termos de desempenho, ou como uma solução em cluster que oferece o desempenho de um supercomputador convencional de larga escala por 1/10 do custo e 1/20 do consumo de energia. Construídas sobre a revolucionária arquitetura CUDA, essas soluções são projetadas para acelerar o ritmo da ciência computacional.
RECOMMENDED HARDWARE CONFIGURATION
| Desktop Workstation Configuration | Data Center Configuration |
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