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Software acelerado por GPU auxilia laboratórios na pesquisa de medicamentos

 
 
A aceleração em até 16 vezes do principal aplicativo na área de genoma "DNADist" com OpenACC está ajudando a Roche e outras empresas do setor farmacêutico a agilizarem a pesquisa de medicamentos para salvar vidas.

DNADist

A NVIDIA anuncia que o padrão de programação OpenACC tem permitido que pesquisadores chineses acelerem o aplicativo de genômica DNADist,1 que é usado nos estágios iniciais do desenvolvimento de tratamentos para alterações genéticas como síndrome de Down, hemofilia, fibrose cística e doença falciforme.

Utilizando o compilador OpenACC da CAPS, pesquisadores da Shanghai Jia Tong University aceleraram o software DNADist em 16 vezes com o uso da tecnologia NVIDIA® Tesla® baseado em GPU, adicionando dicas simples ao código do aplicativo. O DNADist é um aplicativo de matriz de distâncias para o estudo das relações genéticas entre várias espécies ao longo da história da evolução.

Esse aplicativo permite que pesquisadores extraiam informações de dados do DNA sequenciado pela leitura de sequências de nucleotídeos, o que pode potencialmente levar a uma maior compreensão das causas de doenças genéticas e seus respectivos tratamentos.

A aceleração do aplicativo DNADist permite que os pesquisadores estudem um intervalo bem maior de dados de entrada e obtenham informações passíveis de ação mais cedo durante o processo de pesquisa para o tratamento de doenças.

Já o OpenACC, padrão de programação para a computação paralela usando diretivas, foi projetado para permitir que milhões de pesquisadores em todo o mundo possam tirar proveito com facilidade do poder de transformação da computação com GPU. Ele fornece a maneira mais fácil para que usuários, especialistas ou não em programação paralela, acelerem suas pesquisas em questão de horas usando modelos de programação familiares.

"Extrair dados de sequenciamento genético de DNA disponíveis exige um poder de computação cada vez maior", afirma Arnaldo Tavares, gerente de desenvolvimento de negócios da NVIDIA para a América Latina. "O OpenACC permite que os pesquisadores analisem uma quantidade imensa de dados genômicos com rapidez, o que reduz drasticamente o tempo de estudos dos sistemas biológicos levando ao desenvolvimento de medicamentos avançados e super eficazes", finaliza Tavares.

Poder da aceleração por GPU com OpenACC impressiona a Roche Oferecendo uma aceleração de aplicativos de virar o jogo com rapidez e esforço mínimo, o OpenACC oferece aos principais laboratórios farmacêuticos do mundo, como a Roche, a capacidade de pesquisar, identificar e desenvolver medicamentos mais eficazes em menos tempo e com custos mais acessíveis.

"Estou impressionado com a rapidez e a facilidade com que o OpenACC liberou todo o poder da aceleração por GPU para o DNADist, que é um dos nossos aplicativos mais críticos", diz Steve Pan, diretor de projetos de informática da Roche Pharma Global. "O potencial de impacto das GPUs não têm preço, pois fazem com que nossos produtos cheguem ao mercado mais rapidamente. Ainda que a antecipação seja de apenas um dia, isso pode significar muitas vidas salvas", comenta Pan.

Um número significativo e crescente de pesquisadores e engenheiros vem usando compiladores com OpenACC e sistemas de computação híbrida com CPUs e GPUs para acelerar todos os tipos de aplicativos, incluindo CAD/CAM, processamento de imagens, ciência dos materiais, dinâmica molecular, química quântica e muitos outros. Em muitos casos, os usuários estão relatando que alcançaram uma aceleração 5 a 10 vezes maior em apenas algumas horas de trabalho.

Seminário na Web para Demonstrar o OpenACC, DNADist
Quando: 06 de setembro de 2012
A CAPS oferecerá um seminário na web gratuito para falar aos participantes sobre casos de uso e melhores práticas do OpenACC, e fornecer mais detalhes sobre a aceleração do aplicativo DNADist.
Inscrições: https://www2.gotomeeting.com/register/668751466

Sobre as GPUs Tesla da NVIDIA
As GPUs Tesla da NVIDIA são aceleradores paralelos baseados na plataforma de computação NVIDIA CUDA®. As GPUs Tesla são desenvolvidas desde o início com foco em eficiência no uso de energia, computação de alto desempenho, ciência computacional e supercomputação, fornecendo aceleração drasticamente superior para diversas aplicações científicas e comerciais, em comparação com uma abordagem com uso somente de CPUs. Mais informações sobre as GPUs Tesla da NVIDIA estão disponíveis no site http://www.nvidia.com/object/tesla-supercomputing-solutions.html#source=pr.

1) O DNADist é parte do pacote de programas de código aberto Phylip (PHYLogeny Inference Package) usado por acadêmicos no campo da biociência, principalmente em filogenia. Fonte: http://en.wikipedia.org/wiki/PHYLIP

Sobre a NVIDIA
A NVIDIA (NASDAQ: NVDA) despertou o mundo para o poder da computação visual quando, em 1999, criou uma unidade dedicada exclusivamente ao processamento gráfico, a GPU. Desde então, vem desenvolvendo soluções que visam a potencializar a experiência multimídia de usuários de dispositivos móveis, notebooks e PCs. Reconhecida no mercado pelo maciço investimento em inovação, que culminou no lançamento do primeiro kit 3D para PC, a NVIDIA possui soluções voltadas tanto para usuários domésticos, quanto para profissionais. Os processadores GeForce®, por exemplo, são amplamente difundidos no mundo dos games, enquanto os processadores Quadro® são adotados por empresas que demandam extrema precisão gráfica em seus projetos. Fundada em 1993 e com sede na Califórnia, a empresa detém mais de 1.800 patentes nos EUA. Com receita de US$ 3,54 bilhões no ano fiscal 2010/11, a NVIDIA conta com 5.700 profissionais e mantém operações em mais de 20 países, incluindo o Brasil. Mais informações: la.nvidia.com. Assista NVIDIA no Discovery Channel: http://www.youtube.com/watch?v=iX93vj2zclM

NVIDIA - Informações para a Imprensa
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Janaína Leme, Marcos Santos e Melissa Sayon
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