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CUDASW++ em Tesla GPUs
O CUDASW++ é um software de bioinformática para pesquisas de bancos de dados de proteínas, realizadas pelo algoritmo de Smith-Waterman, que aproveita a arquitetura CUDA altamente paralela de GPUs NVIDIA Tesla a fim de realizar pesquisas de sequências de 10 a 50 vezes mais rápidas do que o NCBI BLAST. O CUDASW++ suporta consultas de até 59K.
Download e instalação
- Download CUDASW++
- CUDASW++ Release Notes (Installation, User Guide)
Dados de referência
O CUDASW++ pode aproveitar várias GPUs Tesla e é executado de 10 a 50 vezes mais rapidamente do que o NCBI BLAST, obtendo até 30 GCUPs em tamanhos de consultas de mais de 5000. Considerando que o BLAST é um algoritmo heurístico, o CUDASW++ faz o alinhamento local ideal usando o algoritmo de Smith-Waterman.
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Publicações
- "CUDASW++: optimizing Smith-Waterman sequence database searches for CUDA-enabled graphics processing units, Y. Liu, D. Maskell, B. Schmidt: BMC Research Notes 2009, 2:73
- More publications on accelerating bio-informatics applications using GPUs
Fóruns
Soluções com GPUs
Os aplicativos Tesla Bio Workbench podem ser implantados em supercomputadores desktop pessoais baseados em GPU ou em soluções para centros de dados. Desenvolvidas com base na revolucionária arquitetura CUDA altamente paralela, essas soluções são projetadas para acelerar o ritmo da ciência computacional.
Configuração de hardware recomendada
| Desktop Workstation Configuration | Data Center Configuration |
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