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VMD na GPUs Tesla
VMD é um programa de visualização molecular para exibir, animar e analisar grandes sistemas biomoleculares usando gráficos 3D e scripts integrados. Diversos núcleos e aplicativos-chave em VMD agora aproveitam ao máximo a arquitetura maciçamente paralela CUDA das GPUs NVIDIA. Esses aplicativos são executados de 20 a 100 vezes mais rápido quando usando uma GPU NVIDIA CUDA, em comparação com quando são executados somente em uma CPU. Isso será discutido abaixo.
Download e instalação
- Download VMD 1.8.7 Binaries (from UIUC)
- Release Notes
Dados de referência
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| Dados fornecidos pelo Theoretical and Computational Bio-physics Group (Grupo de biofísica teórica e computacional), da UIUC |
Há vários dados de referência detalhados sobre VMD usando GPUs na página de soluções verticais em dinâmica molecular da NVIDIA.
Apresentações
Várias publicações e apresentações sobre aceleração com GPUs em VMD e NAMD estão disponíveis no endereço http://www.ks.uiuc.edu/Research/gpu/#publications.
Ouça também o áudio das apresentações:
- Do SC09: Acelerando aplicativos de modelagem molecular com computação em GPU - John Stone, do Beckman Institute for Advanced Science and Technology,da Universidade de Illinois em Urbana-Champaign
- Da Conferência de Tecnologia de GPU 2009: Análise e visualização aceleradas com GPU em VMD – John Stone, do Beckman Institute for Advanced Science and Technology, da Universidade de Illinois em Urbana-Champaign
Para saber mais sobre a aceleração de aplicativos de dinâmica molecular usando CUDA, visite a página de dinâmica molecular.
Discussion Forums
Entrevistas / Vídeos
- Do BLOG da SC09 sobre o NVIDIA nTersect: Estudando o vírus H1N1 com GPUs NVIDIA
Soluções com GPUs
Disponíveis como uma solução para supercomputação em computadores de mesa pessoais capaz de superar um cluster de CPU com 32 nós em termos de desempenho, ou como uma solução em cluster que oferece o desempenho de um supercomputador convencional de larga escala por 1/10 do custo e 1/20 do consumo de energia. Construídas sobre a revolucionária arquitetura CUDA, essas soluções são projetadas para acelerar o ritmo da ciência computacional.
RECOMMENDED HARDWARE CONFIGURATION
| Desktop Workstation Configuration | Data Center Configuration |
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